三域系统

三域系统是由卡尔·乌斯(Carl Woese)在1977年提出的细胞生命形式分类，将原核生物分成了两大类，起初称为真细菌（Eubacteria）和古细菌（Archaebacteria）。Woese依据16S rRNA序列上的差别，认为这两类生物和真核生物一起从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别演化而来，因此将三者各置为一个“域”（Domain），作为比“界”高一级的分类系统，并分别命名为细菌域（Bacteria）、古菌域（Archaea）和真核域（Eukarya）。

然而，rRNA树有可能将演化太快的类群放错位置（比如微孢子虫）。有人认为生物的根应该在真细菌之内，很多真细菌的类群在古细菌之前分支出来，很晚古细菌和真核生物才彼此分开。

三域特征比较

特征	细菌Bacteria	古菌Archaea	真核生物Eukarya
形态和遗传
原核细胞结构	是	是	否
共价闭合环状DNA	是	是	否
组蛋白	无	有	有
被膜包围的核	无	无	有
细胞壁	含胞壁酸	不含胞壁酸	不含胞壁酸
膜脂质	酯键连接	醚键连接	酯键连接
核糖体大小	70S	70S	80S
起始tRNA	甲酰蛋氨酸	蛋氨酸	蛋氨酸
多数基因中有内含子	否	否	是
操纵子	有	有	无
mRNA加5'端帽和3'聚A尾	无（部份有聚A尾，但作用与真核不同）	无	有
质粒	有	有	稀少
核糖体对白喉毒素敏感	否	是	是
RNA聚合酶	1个（4亚基）	几个（各8~14亚基）	3个（各12~14亚基）
需要转录因子	否	是	是
启动子结构	-10和-35序列（Pribnow盒）	TATA盒	TATA盒
对氯霉素、链霉素和卡那霉素敏感	是	否	否
生理
产甲烷作用	无	有	无
还原S或SO42-到H2S，或Fe3+到Fe2+	有	有	无
硝化	有	有	无
脱氮	有	有	无
固氮	有	有	无
基于叶绿素的光合作用	有	无	有（在叶绿体中）
基于视紫红质的能量代谢	有	有	无
化能营养（Fe, S, H2）	有	有	无
气泡	有	有	无
聚-β-羟基脂肪酸作为碳储存颗粒	有	有	无
在80℃以上生长	有	有	无
在100℃以上生长	无	有	无

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