由于核酶结构的阐明,可以用人工合成的小片段RNA,配合在欲破坏其结构的RNA或DNA分子上,使成为锤头结构,这就是人工设计的核酶。人工核酶核酸分子,在实验中已证明完全可行,而且还推广至切断DNA分子。用人工核酶破坏病原微生物,例如病毒,包括艾滋病病原体HIV,破坏不利于人类的某些基因,例如过度表达的癌基因,以及破坏干扰正常免疫过程的某些基因,已成为基因治疗上的重要策略之一。