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目前学校具有国家级重点学科3个：[[内科]]学（[[传染病]]）、儿科学、临床检验诊断学；省级重点学科29个。现有省部共建重点实验室3个：[[超声医学]]工程省部共建科技部重点实验室、[[感染性疾病]][[分子]][[生物学]]省部共建教育部重点实验室、临床检验诊断学省部共建教育部重点实验室；省级重点实验室5个。现有博士后流动站1个（临床医学）；一级学科博士点2个（生物医学工程、临床医学），二级学科博士点26个；一级学科硕士点6个（基础医学、口腔医学、药学、生物医学工程、[[中西医]]结合、临床医学），二级学科硕士点53个；专业学位授予权2个（临床医学、口腔医学）。学校已形成了学科门类较全、覆盖面宽、层次较高的研究生学位授权学科体系。　学校先后承担了国家\"六五\"至\"九五\"科技攻关项目、支撑计划项目、国家[[自然科学]]基金重点项目、973计划项目、863计划项目、国家杰出青年基金项目、国家新药基金项目、教育部跨世纪人才基金项目等高层次科技项目，同时还承担国际合作项目的研究。据中国科技信息研究所、信息分析中心关于2005年论文检索结果的分析报告获悉，我校在国内重要期刊发表论文排序居全国各类高校第42位。学校出版的《重庆医科大学学报》、《中华[[肝脏]]病杂志》、《临床超声医学杂志》、《[[儿科]][[药学杂志]]》和《医学教育探索》等刊物，面向国内外公开发行。自1978年以来，获国家科技进步奖、技术发明奖及部、委、省等各级科技成果奖520项。我校研制的[[聚焦]][[超声]][[肿瘤]]治疗设备（超声聚焦刀）属世界首创，是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗仪器，实现产业化以来，已在全国30余家大型医院投入使用，并出口英国、日本、韩国、新加坡等国家。