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若不行手术治疗，本病预后差。对所有类型的此病患者调查显示，80%在生后1年内死亡。合并肺静脉梗阻或存在限制性[[心房]]水平交通者，甚至可于生后数周内夭折。手术治疗的效果已有明显改善，患儿[[病死率]]从20世纪70年代末期的30%降至80年代末90年代初的不到10%。手术[[死亡率]]与患儿术前病情状况密切相关。心下型患儿、术前需用[[呼吸机]]、有代谢性[[酸中毒]]患儿术后病死率较高。肺静脉梗阻小儿术后早期可出现肺[[高压]]，故对于这种患儿，吸入NO有助于扩张[[肺动脉]]，降低死亡率。手术后期疗效大多良好。偶尔也可发生晚期肺静脉梗阻，可能与术后组织反应或吻合口狭窄有关，但再次手术、球囊扩张术或用stcnt补片却易造成该处[[血液]][[反流]]。少数患儿后期可出现[[心律失常]]，包括[[窦性心动过缓]]、房扑及[[室上性心动过速]]，其中[[房性心律失常]]最为常见。

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