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目前仍有约1/3的病例术后有不同程度的肛门[[功能障碍]]。有些患儿功能障碍严重，给患儿及其家属造成长期的，甚至是终身的痛苦和[[烦恼]]。肛门直肠畸形的位置越高，术后排便功能障碍的发生率越高，程度越严重。术后排便障碍的发生率，功能障碍高位畸形者为86.4%，中位畸形为47.9%，低位畸形为27%。

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