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食品中可能存在的有害因素，其性质、作用各不相同，在食品中含量水平的监测研究方法和允许的限量亦各有不同。一般规定，食品中不得检出可直接使人致病的生物性有害因素，如[[致病菌]]、病毒、寄生虫等，但轻度[[感染]][[囊尾蚴]]的[[猪肉]]或[[牛肉]]，每40cm²的好，每40cm的好[[寄生]][[肌肉]]（臀肌、嚼肌）表面上，囊尾蚴不多于3个和5个者，可分别经有效[[低温]]和高温处理后供人食用；感染旋毛形[[线虫]]轻微的猪肉和其他畜肉，一般最好寄生部位（如膈肌脚）24个切片中检出虫体不超过5片时，也允许经有效高温处理后供人食用。至于食品中非致病性细菌，通常则依其食品卫生意义、卫生条件等具体情况，规定其在食品中的含量水平，即食品中的“[[菌落总数]]”和“[[大肠菌群]]最可能数”，亦即一定体积或重量内细菌和大肠菌群可存在的数目标准，如中国食品卫生标准规定1ml汽酒中细菌总数须低于100个；100ml汽酒中大肠菌群须低于或等于3个。