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复旦大学和上海医科大学2000年合并后，原上医[[公共卫生]]学院、护理学院、药学院一度独立成院。上医基础医学院和各临床医学院归并整合为复旦大学医学院，并于2001年改名为复旦大学上海医学院（今改为基础医学院）。2011年，重新恢复原上医的学科结构，上海医学院包括[[基础医学]]、临床医学、公共卫生与[[预防医学]]、[[药学]]、[[护理学]]，以及附属医院、[[生物医学]]研究院、脑科学研究院、[[放射医学]]研究所和实验动物科学部等。[http://shmc.fudan.edu.cn/s/121/t/378/p/42/c/5191/d/5195/list.htm 复旦大学上海医学院组织架构]

上海医学院现有13家附属医院。各附属医院医护员工超过1.5万人，医疗业务量接近上海市总量的四分之一。[http://www.fudan.edu.cn/channels/view/121/ 复旦大学网站-科学研究-医学]