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EORF3′端E₁ORF3′端[[变异]]可以使细胞发生形态学变化，并使DNA呈[[整合状态]]，游离DNA复制的能力可被另一DNA上的[[野生型]]E1ORF所互补，这就表明变异区具有一种[[反式作用]]的功能。E1ORF5′端具有游离DNA复制的负调节功能，此外E1蛋白的一个区段在[[氨基酸]]水平与SV40大T[[抗原]]有较强的[[同源性]]，这一区域位于E1蛋白C端的1/2，而大T抗原参与[[核苷酸]]结合，并具有[[ATP]][[酶活性]]因此提示E1参与病毒DNA的复制。E2ORF编码一种早期区的[[反式激活]]因子，后者又可能作用于URR区，而同一E2ORF的3′端编码一种可抑制上述反式激活因子的蛋白,所以E2ORF编码着2个在功能上相[[拮抗]]的蛋白。E7ORF含有一个[[转化基因]]，可以使[[大鼠]][[血管]]3Y1细胞转化。此外，E7尚与[[调节基因]]拷贝数有关。