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[[胃肠炎型]]最常见，约占80%。潜伏期8～24小时，发病较急，主要表现为[[高热]]、[[厌食]]、[[恶心]]、[[呕吐]]、[[腹痛]]、[[腹泻]]。体温多在39℃以上，可为[[弛张热]]型(高热，每日体温上下波动2℃以上)、[[稽留热]]型(高热，每日体温上下波动不到1℃)及[[不规则热]]型。腹泻每日数次至30余次，大便性状多变是小儿鼠伤寒沙门氏菌肠炎的特点，大便可为不消化稀便、黄绿色粘液便、水样便、脓血便，有腥臭味。新生儿鼠伤寒可排出白色便，可能与胆总管和十二指肠乳头部炎症水肿、胆汁排出受阻有关。重症腹泻患儿可迅速出现脱水、电解质紊乱和酸中毒，甚至发生休克。大便显微镜检查可见多数白细胞和红细胞。大便排菌时间长，绝大多数病人大便可培养出鼠伤寒沙门氏菌，为确诊鼠伤寒的主要依据。半数病人有呼吸道感染症状，表现为咽充血，[[支气管炎]]和[[支气管肺炎]]。少数病人可有败血症和泌尿系统感染的临床表现，可做血、尿培养加以证实。肥达氏反应阳性率很低，对诊断鼠伤寒沙门氏菌肠炎帮助不大。用凝集方法测血鼠伤寒沙门氏菌抗体多为阳性反应。胃肠炎型鼠伤寒为[[自限性疾病]]，国外不主张用[[抗生素]]治疗，国内治疗婴儿和新生儿鼠伤寒多数主张用抗生素进行治疗。