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1878年出生于父亲恽磨照的任地福建省台州。5岁丧父，11岁丧母，由同族亲戚携挈，与异母兄长回到祖籍、近代名中医的摇蓝——江苏省武进县。聪颖异常的恽铁樵，由于家道贫寒、兄嫂遇薄，更立志发奋、刻苦攻读，13岁就读于族中私塾，16岁即考中秀才，20岁全部读完了科举经典，为深入中医的堂奥，开拓了畅通的渠道。由于乡风的熏陶，同时已涉猎了《[[温病条辨]]》等医学著作，粗通医道。在叔祖北山先生温热夹食，庸医妄投“[[小青龙]]”时，已能明辨是非，提出质疑。1903年考入上海南洋公学，攻读英语，成为近代中医界精通旧学，又系统接受新学制教育的第一人，为吸取现代科学知识发展中医奠定了基础。恽铁樵神通内经、伤寒之学，“为近代中医界精通旧学、独具只眼，又受过较系统近代科学训练的第一人”。

正当恽铁樵在事业上取得成就的时候，丧子之痛不时向他袭来。1916年，年已14的长子阿通殁于[[伤寒]]，次年第二、三子又病[[伤寒]]而夭折。粗通医道的恽铁樵往往心知其所患某病，当用某药，但是苦于没有临床经验不敢轻举妄动，向医生建议商讨，从无采纳的余地，只是爱莫能助，坐视待毙。痛定思痛，深深地感到求人不如求己，遂深入研究《[[伤寒论]]》，同时问业于伤寒名家[[汪莲石]]先生。一年后第四子又病，发热恶寒，无汗而喘，[[太阳伤寒]]的麻黄证显然。请来的名医，虽熟读《[[伤寒论]]》但不敢用伤寒方，豆豉、山栀、豆卷、桑叶、菊花、杏仁、连翘等连续不断，遂致喘热益甚。恽铁樵踌躇徘徊，彻夜不寐，直至天明果断地开了一剂[[麻黄汤]]，与夫人说：三个儿子都死于伤寒，今慧发病，医生又说无能为力，与其坐着等死，宁愿服药而亡。夫人不语，立即配服。一剂肌肤湿润，喘逆稍缓；二剂汗出热退，喘平而愈。于是恽铁樵更加信服伤寒方，钻研中医经典，亲友有病也都来请求开方，而所治者亦多有良效。一日某同事的小孩伤寒阴证垂危，沪上名医治疗无效，恽铁樵用[[四逆汤]]一剂转危为安。病家感激万分，登报鸣谢曰：“小儿有病莫心焦，有病快请恽铁樵”。求治者日多一日，业余时间应接不暇，遂于1920年辞职挂牌，开业行医。不久门庭若市，医名大振。

恽铁樵从医之时，中医正处于生死存亡的危急关头。20世纪初，随着新文化的传入，面对西方科学的进步，如何看待中国传统医学出现了两个极端：一是盲目崇拜外国，彻底否定中医，如[[余云岫]]，1916年抛出《[[灵素商兑]]》，从基础理论入手，认为《[[内经]]》“无一字不错”，中医“不科学”，“靠暗示的效果”，“精神的作用”，“和催眠术差不多”，甚至主张立法废止中医；另一种是夜郎自大，顽固保守，拒不接受现代科学，攻击研习西医是“媚外卖国，蹂躏国粹”。

恽铁樵以他渊博的知识，丰厚的临床经验，纵览了世界科学的进步，认为中医有实效，乃有用之学，西医自有长处，尤其生理学的研究，由于中西文化背景不同，医学基础各异，从而形成了两个不同的体系，“西方科学不是唯一之途径，东方医学自有立脚点”，但是中医由于年代久远，应该整理提高，使之发展进步，并明确提出吸取西医之长处，融会贯通产生新的医学，说“中医有演进之价值，必须吸取西医之长，与之合化产生新中医，是今后中医必循之轨道”，并说“居今日而言医学改革，苟非与西洋医学相周旋更无第二途径。”然而这是为了发展中医，补助中医，“万不可舍本逐末，以科学化为时髦，而专求形似，忘其本来”。他的真知灼见，为垂危的中医指出了生存和发展的道路，回顾半个世纪来中医所走过的历程，立足中医，吸取新知的观点无疑是正确的。

为了使退化的中医进步，零乱的学术整齐，恽铁樵一扫引经考据的陈规陋习，不因袭前人的成见，不附和时行的见解，独辟蹊径，革新旧说，比较全面系统地整理了中医经典及重要著作，首先他针对《[[灵素商兑]]》的武断攻击，在1922年发表了著名的闻世之作《[[群经见智录]]》。他用科学的方法，研究了《[[内经]]》理论的原委实质，提出了“四时五脏”的观点，认为古人把四时看作是万事万物变化的支配力量，也是古人认识事物变化的方法，由四时的风寒暑湿产生了六气；生长化收藏产生了五行，再由四时五行派生出五脏，因此四时是内经的骨干，“内经之五脏非血肉之五脏，乃四时的五脏”。他从方法论的高度揭示了中医理论，特别是[[藏象学说]]的秘奥，展示了古代医家一条朴实的、可以理解、捉摸的思路，驳斥了《[[灵素商兑]]》的攻击，捍卫了中医学术的完整性。

此外“[[因势利导]]”、“拨乱反正”的形能观；“单丝不成线”，内外因素结合的发病观；“腺体一统，以肾为平的腺肾相关论”等众多独特的见解观点，至今犹有其指导意义，如腺肾相关论已为现代肾本的研究所证实。

恽铁樵学说之所以未能为人们普遍了解，其原因如“梁任公《演说集》所云：‘中医尽能愈病，总无人能以其愈病之理由喻人’”，因此培养人才至关重要，尽管当时政府已将中医摒弃于教育之门外，他还是披荆斩棘，于1925年创办了“铁樵中医函授学校”，发表了长达4000余言的《创办函授学校宣言》，高瞻远瞩地指出中医必将走向世界，说“中医不能出国门一步，此则有国力关系，况现在情形是暂时的。”顿时八方响应，入学者600余人，遍及大江南北，全国各地。1927年又办起临诊实习班，及门弟子30余人。同时还兼任上海各中医学校讲席。1928年由于废止中医法案的出笼，不得不停办教学。废止中医法案被迫撤销后，恽铁樵又以铁樵函授医学事务所的命名于1933年复办函授教育。经过几番艰难曲折，终于培育了像[[陆渊雷]]、[[章巨膺]]、[[顾雨时]]等一批具有创新思想的优秀人才，有力地推动了中医事业的发展。

恽铁樵是位临床医师，对[[外感热病]]有着丰富的实践经验。他把热病的发展归纳为“阴胜则寒”、“阳胜则热”和“阳虚则寒”、“阴虚则热”等浅深不同的两个层次和阴阳胜复的四个步骤；把温病分成伤寒和非伤寒两个系，编著了《热病讲义》，《[[温病明理]]》等热病专著。对[[小儿惊风]]的治疗尤有独到的心得，认为本病多因外感风寒，内挟食滞，兼受惊怖而成，重心在于胃热，肝胆亦热，治疗当清热降火为主，消导食积为辅，可寻伤寒温病之法发汗透泄，使热外出不至上攻于脑，麻黄葛根在所不忌，反对妄用[[回春丹]]、金鼠屎等香窜镇惊之药。晚年自制安脑丸，方用：金钱白花蛇6条、全蝎9克、白附子4．5克、生川乌6克、天麻9克、明雄60克、薄荷9克、梅片9克、独活15克、麻黄60克、犀黄4．5克、麝香3克。一般发热有惊风先兆，退热为主合葛根、黄芩、黄连、龙胆草；惊风已见合蝎尾、天麻、防风、知母、独活、归身、薄荷、生地、龙胆草；[[角弓反张]]合犀角、蝎尾、龙胆草、生地、薄荷、防风、川连、独活等，煎汤化服，每有良好效果。

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