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分子在电场中的泳动速度 (''v'')决定于其外加电场强度(''E'')，以及与其分子的大小形状关连的摩擦系数(┃)和荷电状况(''q'')

在电泳过程中，外加电场强度 (''E'')是恒定的，分子的泳动速率（μ，单位电场下的迁移速度）等于''q''/┃，分子荷电多，颗粒小，呈球状（而非纤维状）者，泳动速率快;反之则慢。故电泳可将各种不同的蛋白质分开，通过[[染色]]可显出各蛋白质的区带。鉴于同种蛋白质分子在同一电泳条件下的泳动速率必然相同，因此电泳可用以确定蛋白质的纯度;若与已知的标准蛋白质同时电泳，还可鉴定该蛋白质。