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一旦[[病毒感染]][[细胞]]，它就开始利用[[感染]]的宿[[主细胞]]的资源进行自我复制。在这一进程中，新的衣壳[[蛋白亚基]]根据病毒的[[基因组]]信息并利用宿主细胞的[[蛋白质生物合成]]系统而被合成出来。在衣壳蛋白被合成后就需要对其进行组装。在组装过程中，一个所谓的“门户”（portal）[[亚基]]在衣壳的顶点被装好；然后通过门户亚基将病毒[[DNA]]或[[RNA]]运入衣壳。研究者已经通过运入衣壳。<ref name="pmid16051846">研究者已经通过[[冷冻]]电子[[显微技术]]观察到[[疱疹病毒]]的衣壳门户[[蛋白]]的组装过程。<ref name="pmid17188319">

对各种病毒中主要的衣壳蛋白结构的分析，可以被用于对病毒进行分类。例如，噬菌体PRD1、[[小球藻]]病毒（Paramecium bursaria Chlorella algal virus）和哺乳动物[[腺病毒]]被分到同一个[[科 (生物)|科]]中。中。Khayat et al. classified Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV) and Laurinmäki et al. classified bacteriophage Bam35 - Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 3669 (2006); 102, 18944 (2005); Structure 13, 1819 (2005)