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大多数肛门直肠瘘起源于肛门或直肠壁上一个较深的腺体，有些则是因为[[肛门直肠脓肿]][[引流]]后所致。但肛瘘的真正原因常常难以确定。患有[[克罗恩病]]或[[结核病]]的患者中，肛瘘更常见。肛瘘也发生于那些患有[[憩室]]、癌肿或肛门直[[肠损伤]]的病人。在[[婴儿]]发生的肛瘘通常是[[出生缺陷]]所致，男婴多于女婴。连通直肠和阴道的瘘管可由[[X线]]治疗、癌肿、克罗恩病或妇女生小孩时损伤所引起。

==治疗==

唯一的治疗方法是[[外科手术]]（[[瘘管切开术]]），将[[肛门括约肌]]部分切开。如果肛门括约肌切开过多，则病人可能发生控制[[排便]]困难。如果病人患有[[糖尿病]]、活动性[[溃疡性结肠炎]]或克罗恩病，可延缓[[伤口]]的愈合，因此，通常不能做这种手术。