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中华人民共和国建立后，陈邦贤以无比兴奋的心情，积极参加新中国的医疗卫生事业。开初，他出任镇江市卫生科科长，兼任江苏医学院医学史教授，同时，还担负着不少社会工作。在繁忙的工作中，陈邦贤仍然坚持不懈地兼顾着医学史的教学与研究工作。１９５４年，陈邦贤奉命调京，在中央卫生研究院中国医药研究所医史研究室从事中国医学史研究工作，时年６９岁。１９５５年，转卫生部中医研究院（即今日中国中医研究院）医史研究室任副主任。此时，陈邦贤虽年逾古稀，但仍以旺盛的精力投入到医史研究中，三本大型资料汇编性著作《二十六史医史资料汇编》，《》、《》及《[[中国医学人名志]]》相继完成。他认真学习马列主义和毛泽东著作，并用以指导中国医学史的研究。１９５７年最新一版的《中国医学史》（第三版）不但充实了丰富的新内容，而且在运用历史唯物主义观点及方法方面，有了显著的提高。另外，他还主持编撰了西医学习中医和中医学院所用的《中国医学史》教材，于１９５６年印行全国后又改编为《》。在此期间他还为国家培养了年轻一代的医学史研究人员。他积极参加社会活动，曾担任第四届全国政协委员，农工民主党中央委员，农工北京市市委常委等职。还兼任《[[中华医史杂志]]》编委，中华医学会医史学会及北京分会医史学会常务委员，《[[中医杂志]]》编委等学术职务。

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