病原体的检查、培养和分离
病原体的检查、培养和分离(examination，culture and isolation of pathogen)，传染病由各种病原体引起，在病人体内及其排泄物中找到病原体，对传染病的诊断及治疗具有重要意义。特别是早期诊断意义更大，因为在病程早期，病人体内的病原体多，检测的阳性率高，病程后期，人体产生免疫力，病原体被消灭，检测的阳性率降低。但要注意标本来源不同，病原体阳性的诊断意义也不同。如从发热病人血中培养出伤寒杆菌，即可确诊伤寒；而从其粪便中培养出伤寒杆菌就不可能百分之百地肯定为伤寒，因为伤寒杆菌的携带者也可由其他疾病而引起发热。此外，病原体检测对指导治疗也非常重要，可以根据检测结果选用适当的药物治疗，尤其是培养阳性者，药物敏感试验可指导医生选用有效药物。检测病原体的方法包括直接检查、培养和分离。
直接检查
简单易行、快速、准确。可将标本制成涂片，染色（或不染色）后，直接在显微镜下检查病原体。但只有在病原体较大时才能用普通光学显微镜查到，如病毒太小，普通显微镜看不到，不能用这种检查方法。有些病原体即使在普通显微镜下能见到，但单纯从形态上很难与其他微生物相鉴别，必须用特殊染色方法，如白喉杆菌与类白喉杆菌只有用特殊染色（庞德氏染色等）才能区别。引起猩红热的乙型溶血性链球菌在形态上无法与其他链球菌鉴别，而又无特殊染色，因此不能用直接检查法进行检查。免疫荧光检查就是一种特殊染色法，原理是将特异性抗体标记荧光素，涂片上若有相应的病原体，带荧光素的特异性抗体就与之结合，在荧光显微镜下便可以看到发黄绿色荧光的病原体。应用免疫染色法检查粪便中的痢疾杆菌，可将其与大肠杆菌鉴别，这也是一种直接检查法。
培养和分离
虽较直接检查法为慢，且较为复杂，但更准确，应用范围也更广，几乎可用于所有的病原体。一般除病毒、衣原体和立克次氏体外，都可用无生命的培养基培养和分离。培养基的种类很多，可根据不同的病原体加以选用。培养分离病原体后，还可进行各种试验，如发酵试验、毒力试验等，这对病原体的进一步鉴定非常重要。病毒、衣原体和立克次氏体缺乏维持生命所必须的各种酶，不能像细菌那样从培养基中摄取营养物质，利用自己的酶来合成自己所需的各种成分，不能用无生命的培养基培养，而必须接种到有生命的机体内，利用机体的酶来合成它们所需的各种成分。这种方法称“病毒分离”、“衣原体分离”或“立克次氏体分离”。分离的方法一般有三种：①组织培养。最简单常用；②动物胚胎（如鸡胚、鸭胚）接种；③动物接种，如接种小白鼠、豚鼠等。不同的病毒、衣原体或立克次氏体常需要不同的分离方法，分离阳性后也常需进行各种试验（如血清学试验等）才能最后判定其种类。病原体的直接检查常与病原体的培养分离同时进行。
除上述两种方法外，还有一些特殊的检查方法。例如对怀疑为狂犬病的人或动物可取其脑组织检查特异性包涵体（内格里氏小体）确诊；检查乙型肝炎表面抗原可用反向被动血凝法(RPHA)、酶联免疫吸附试验(ELISA)及放射免疫试验(RIA)等方法;检查粪便中的甲型肝炎病毒可用免疫电镜等。还可应用分子杂交或核酸分析的方法来检验病人血液、组织或排泄物中的病原体核酸以协助诊断，如血液中及肝组织中的乙型肝炎病毒核酸，就可用分子杂交的方法检测；粪便中的轮状病毒可用核酸分析的方法来检测等。由于病原体的各种抗原和病原体的核酸都是病原体的特异性成分，因此如果它们出现阳性也就表示病原体阳性，故这些方法也具有很大的确定诊断的意义。
