内镜清洗及消毒
各种内镜用途各异，消毒也不尽相同，上消化道内镜可采用普通消毒法，腹腔镜、胆道镜及逆行胰胆管造影用的十二指肠镜则要求严格的消毒。超声内镜亦可用普通消毒法消毒，但胆管、胰管超声内镜及母子镜需用严格消毒法消毒。
普通消毒法
人工清洁消毒法
(1)检查完毕，将内镜置于清水桶或水槽用柔软海绵擦洗1-2min，以清除镜身粘液分泌物，并反复注气及吸引冲洗掉活检孔管道及注气管内的分泌物。作活组织检查者，用特殊的毛刷刷洗活检孔道，后再用蒸馏水冲洗活检管道，有条件者可再用蛋白分解酶(如适酶等)，去除蛋白粘液。
(2)将清洗后的内镜置于消毒桶或槽内，浸于0.1％洗必泰溶液或2％戊二醛溶液中3-5min，或用浸有上述消毒液的柔软海绵反复擦拭镜身及作多次吸引，作活组织检查者，须用清洁毛刷刷洗数次活检管道。另对肝功能异常及肝炎表面抗原标志物阳性者应采用专一的内镜，并在术后彻底消毒。
(3)消毒完毕，将内镜置于另一清水桶或水槽内，按上述(1)的操作步骤清洗除去消毒液。
(4)洗毕，用消毒纱布擦干镜身，再用75％乙醇擦拭镜身及冲活检孔。活检钳抬举器可用棉签蘸乙醇擦洗，尔后用内镜干燥仪将内镜注气、注水管道吹干，最后将内镜放入专用柜内贮存备用。
(5)活检阀门应拆开清洗，于消毒液或75％乙醇内浸泡15min，水洗擦干，安装后再使用。活检钳先清洗(钳瓣处用刷子擦拭)，不易清洗的污垢可用超声波清洗仪清洗，每次15min；尔后再于消毒液内浸泡3min。口圈清洗后用75％乙醇浸泡30min消毒。
清洗器消毒法
步骤与人工法相似，目前使用的自动洗涤器有旋转喷洒法、浸泡法等。使用前应熟悉洗涤器的原理与构造，正确安装，除全密闭型内镜外，应注意保护操纵部勿沾水，并防止损伤内镜。消毒液种类，应按机器设计要求。各单位自制的简易清洗消毒器要应以不损坏内镜及保证有效清洗消毒为原则。
严格消毒法
1．戊二醛浸泡法
将内镜浸泡于2％戊二醛溶液内20min以上，再用灭菌蒸馏水冲洗，擦干后备用。用于内镜被肝炎病毒污染的内镜，密封型内镜，尽量采用全浸泡法消毒。
2．环氧乙烷气体消毒 将洗净后之内镜用布包好，置于橡胶袋中，充满环氧乙烷后在室温下放置8-12h。本法适用于胆道镜、腹腔镜等手术内镜的消毒。但消毒后需通风数小时后才能应用，因而不适用在连续检查时。
3．4％甲醛蒸气熏蒸6-12h，灭菌蒸馏水冲洗，干燥后备用。
