PCR
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定义
PCR是指体外酶促合成特异DNA片段的一种分子生物学实验方法，主要由高温变性、低温退火和适温延伸三个步骤反复的热循环构成：即模板DNA先经高温变性为单链，在DNA聚合酶和适宜的温度下，两条引物分别与两条模板DNA链上的一段互补序列发生退火，接着在DNA聚合酶的催化下以四种脱氧核苷酸三磷酸（dNTPs）为底物，使退火引物得以延伸。如此反复，使位于两段已知序列之间的DNA片段呈几何倍数扩增。
聚合酶链反应的历史回顾
核酸体外扩增最早的设想
由Khorana及其同事于1971年提出：“经过DNA变 性，与合适引物杂交，用DNA聚合酶延伸引物，并不断重视该过程便可克隆tRNA基 因”。但由于当时很难进行测序和合成寡核苷酸引物，且当时（1970年）Smith等发现了 DNA限制性内切酶，使体外克隆基因成为可能，所以，使Khorana等的早期设想被人们遗忘。
聚合酶链反应的发明
直到1985年，美国PE-Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等人才发明了具有划时代意义的聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction, 聚合酶链式反应）, 使人们梦寐以求的体外无限扩增核酸片段的愿望成为现实。其原理类似于DNA的体内 复制，只是在试管中给DNA的体外合成提供一种合适条件。开始是使用大肠杆菌 DNA聚合酶Klenow片段来扩增人基因组中的特异片段。由于该酶不耐热，因此，每次 加热变性DNA后都要重新补加Klenow酶。在操作多份标本时，这一过程耗时，费力， 且易出错。耐热DNA聚合酶的应用使得聚合酶链式反应反应更易于自动化，继而PE-Cetus公司推 出了第一台聚合酶链式反应热循环仪，使该技术的自动化成为现实。Mullis等因此项技术于1993年 获得诺贝尔奖金。
聚合酶链反应相关技术的发展
聚合酶链式反应及其相关技术的发展速度是惊人的。国际上分别于1988年和1990年在美国和 英国召开了第一届和第二届聚合酶链式反应技术专题研讨会。第一届会议主要讨论了聚合酶链式反应的应用 与技术本身的优化问题；第二届会议的主要议题是人类基因组计划与聚合酶链式反应的最新进 展。这充分体现了生物学家对聚合酶链式反应的重视。
（表）聚合酶链反应的相关技术
| 名 称 | 主要用途 |
| 简并引物扩增法 | 扩增未知基因片段 |
| 巢居聚合酶链式反应 | 提高聚合酶链式反应敏感性、特异性，分析突变 |
| 复合聚合酶链式反应 | 同时检测多个突变或病原 |
| 反向聚合酶链式反应 | 扩增已知序列两侧的未知序列，致产物突变 |
| 单一特异引物聚合酶链式反应 | 扩增未知基因组DNA |
| 单侧引物聚合酶链式反应 | 通过已知序列扩增未知cDNA |
| 锚定聚合酶链式反应 | 分析具备不同末端的序列 |
| 增效聚合酶链式反应 | 减少引物二聚体，提高聚合酶链式反应特异性 |
| 固着聚合酶链式反应 | 有利于产物的分离 |
| 膜结合聚合酶链式反应 | 去除污染的杂质或聚合酶链式反应产物残留 |
| 表达盒聚合酶链式反应 | 产生合成或突变蛋白质的DNA片段 |
| 连接介导聚合酶链式反应 | DNA甲基化分析、突变和克隆等 |
| RACE-聚合酶链式反应 | 扩增cDNA末端 |
| 定量聚合酶链式反应 | 定量mRNA或染色体基因 |
| 原位聚合酶链式反应 | 研究表达基因的细胞比例等 |
| 臆断聚合酶链式反应 | 鉴定细菌或遗传作用 |
| 通用引物聚合酶链式反应 | 扩增相关基因或检测相关病原 |
| 信使扩增表型分型（mapping） | 同时分析少量细胞的mRNA |
其它扩增技术
与聚合酶链式反应及其相关技术发展的同时，新的扩增技术也不断诞生。这些技术各有利 弊，与聚合酶链式反应互为补充，有的可结合应用，共同构成了核酸体外扩增技术的大家族。我 们相信，随着分子生物学技术的发展，这一家族一定会再涌现出新成员。
| 技术 | 应用 |
| 转录依赖的扩增系统（TAS） | 检测HIV |
| 连接酶链反应（LCR） | 检测点突变 |
| 自主序列复制（3SR）系统 | 研究RNA，临床应用、法医学等 |
| 链替代扩增（SDA） | 检测、鉴定基因 |
| Qβ复制酶系统 | 增加探针检测敏感性 |
| 循环探针反应 | 增加探针检测敏感性 |
连接酶链反应 （A）
连接酶链反应（Ligase chain reaction，LCR）,是一种新的DNA体外扩增和检测 技术,主要用于点突变的研究及靶基因的扩增。是Backman 1997年为检出靶基因序列 中的点突变而设计发明，并申报了专利。
LCR的基本原理为利用DNA连接酶。特异地将双链DNA片段连接,经变性-退火-连 接三步骤反复循环,从而使靶基因序列大量扩增。
LCR的扩增效率与聚合酶链式反应相当，用耐热连接酶做LCR只用两个温度循环，94℃min变性 和65℃复性并连接，循环30次左右。其产物的检测也较方便灵敏。目前该方法主要用 点突变的研究与检测、微生物病原体的检测及定向诱变等，还可用于单碱基遗传病多 态性及单碱基遗传病的产物诊断，微生物的种型鉴定，癌基因的点突变研究等。
依赖核酸序列的扩增 （A）
依赖核酸序列的扩增（Nucleic acid sequence-based amplification,NASBA） ，又称自主序列复制系统（self-sustained sequence replication，3SR）或再生长 序列复制技术。1990年Guatelli等首先报道了这一技术。
NASBA主要用于RNA的扩增、检测及测序。
其基本方法为：将引物,标本加入扩增反应液，65℃1min使RNA分子二级结构打 开,降温至37℃加入逆转录酶,T7RNA聚合酶和RNase H,并在37℃反应1～1.5小时,其 产物经琼脂糖电泳，溴乙锭染色即可在紫外仪下看到条带。
NASBA的特点为操作简便，不需特殊仪器，不需温度循环。整个反应过程由三种 酶控制，循环次数少，忠实性高,其扩增效率高于聚合酶链式反应，特异性好。
转录依赖的扩增系统 （A）
转录依赖的扩增系统（Transcript-based amplification sytem，TAS），是 Kwen等人于1989年研究报道的，主要用于扩增RNA。
TAS的主要特点是扩增效率高，因为其RNA拷贝数呈10的指数方式增加，只需6个 循环靶序列的拷贝数就能达到2×106。它的另一个特点是特异性高，由于TAS只能进行 6次温度循环，错掺率低，加之用葡聚糖珠夹心杂交，因而特异性也高。
虽然本法有较高的特异性和敏感性，但其循环过程复杂，需重复加入逆转录酶和 T7RNA多聚酶，有待进一步研究。
Qβ复制酶反应 （A）
Kacian等于1972年首次报报Qβ复制酶（Q-beta replicase）催化RNA模板的自我 复制功能，它能在常温30min，将其天然模板MDV-1RNA扩增至109。1986年Chu等报道 用生物标记的靶序列特异性探针，可与亲和素联接的MDV-1RNA杂交，经洗脱未被结合 的MDV-1后，再加入Qβ复制酶，扩增复制MDV-1拷贝，然后用溴乙锭染色检测或用同 源性的第二探针杂交。
Qβ复制酶是一种RNA指导的RNA聚合酶，它有3个特点：①不需寡核苷酸引物的引 导就可启动RNA的合成。②能特异地识别RNA基因中由于分子内碱基配对而形成的特有 的RNA折叠结构。③在Q β复制酶的天然模板MDV-1 RNA的非折叠结构区插入一短的 核酸序列不影响该酶的复制。 因而，如在此区插入核酸探针，则其序列照样可能被 Qβ复制酶扩增。
1988年Lizardi等，将靶基因序列插进MDV-1质粒里，用T7 RNA聚合酶催化转录 出MDV-1 RNA探针，这种RNA探针可与靶序列杂交，然后洗去非杂交的探针,加入Qβ 复制酶来扩增探针，被扩增的探针又可作为模板进行扩增，并呈指数递增。其产物 按上述两种方法进行检测。现在该技术又发展了夹心杂交法，分子开关和靶依赖的复 制等技术。
聚合酶链式反应技术的应用举例：
研究：基因克隆；DNA测序；分析突变；基因重组与融合；鉴定与调控蛋白质结 合DNA序列；转座子插入位点的绘图；检测基因的修饰；合成基因的构建；构建克隆 或表达载体；检测某基因的内切酶多态性
诊断：细菌（螺旋体、支原体、衣原体、分支杆菌、立克次氏体、白喉杆菌、致 病大肠杆菌、痢疾杆菌、嗜水气单胞菌和艰难梭菌等）；病毒（HTLV、HIV、HBV、 HPVS、EV、CMV、EBV、HSV，麻疹病毒、轮状病毒、细小病毒B19）；寄生虫（疟疾 等）；人遗传病（Lesh-Nyhan综合症、地贫、血友病、BMD、DMD、囊性纤维化等）
免疫学：HLA分裂；T细胞受体或抗体多样化的定性；自身免疫病基因作图；淋巴因子定量
人类基因组工程：用散布重复序列产生DNA标志；遗传图谱的构建（检测DNA、 多态性或精子绘图）；物理图谱的构建；测序，表达图谱
法医：犯罪现场标本分析；HLA-DQ
组织和群体生物学：遗传聚类研究；动物保护研究；生态学；环境科学；实验遗 传学。
古生物学：考古与博物馆标本分析
动物学：动物传染病的诊断等
植物学：检测植物病原等
聚合酶链式反应的基本原理和概念
基本原理
DNA在细胞中的复制是—个比较复杂的过程。参与复制的基本因素有：DNA聚合酶、DNA连接酶、DNA模板、由引发酶合成的RNA引物、核苷酸原料、无机离子、合适的pH、以及解开DNA的超螺旋及双螺旋等结构的若干酶与蛋白质因子等。
聚合酶链式反应是在试管中进行DNA复制反应，基本原理与体内相似，不同之处是耐热的Taq酶取代DNA聚合酶，用合成的DNA引物替代RNA引物，用加热（变性）、冷却（退火、保温（延伸）等改变温度的办法使DNA得以复制，反复进行变性、退火、延伸循环，就可使DNA无限扩增。聚合酶链式反应的具体过程如下：
将聚合酶链式反应反应体系升温至95℃左右，双链的DNA模板就解开成两条单链，此过程为变性。然后将温度降至引物的Km值以下，3'端与5'端的引物各自与两条单链DNA模板的互补区域结合，此过程称为退火。当将反应体系的温度升至70℃左右时，耐热的Taq DNA聚合酶催化四种脱氧核糖核苷酸按照模板DNA的核苷酸序列的互补方式依次加至引物的3'端，形成新生的DNA链。每一次循环使反应体系中的DNA分子数增加约一倍。理论上循环几次，就增加为2^n倍。当经30次循环后，DNA产量达2^30拷贝，约为10^9个拷贝。聚合酶链式反应扩增过程见图8-1。由于实际上扩增效率达不到2倍，因而应为（1+R）^n，R为扩增效率。
参与聚合酶链式反应反应体系的因素及其作用
参与聚合酶链式反应反应的因素主要包括模板核酸、引物、TaqDNA聚合酶、缓冲液、Mg2+、三磷酸脱氧核苷酸（dNTP）、反应温度与循环次数、聚合酶链式反应仪等。现对它们的作用介绍如下：
（一）模板核酸
用于聚合酶链式反应的模板核酸可以是DNA，也可以是RNA。当用RNA作模板时，首先要进行反转录生成cDNA，然后再进行正常的聚合酶链式反应循环。核酸模板来源广泛，可以从培养细胞、细菌、病毒、组织、病理标本、考古标本等中提取。
聚合酶链式反应反应时加入的DNA模板量一般为100-100000拷贝，现在的技术水平已能从单个细胞制备出相应的cDNA文库。DNA模板含量合适，可以减少聚合酶链式反应多次循环带来的碱基错配。
通常模板DNA用线性DNA分子，若为环状质粒，最好先用酶将其切开成线状分子，因为环状DNA复性太快。
（二）引物
引物决定聚合酶链式反应扩增产物的特异性与长度。因此，引物设计决定聚合酶链式反应反应的成败。
聚合酶链式反应反应中有两种引物，即5'端引物与3'端引物。5'端引物是指与模板5'端序列相同的寡核苷酸，3'端引物是指与模板3'端序列互补的寡核苷酸。对引物的基本要求有：①引物的长度过短会影响聚合酶链式反应的特异性，要求有16-30bp，因为4^16=4.29x10^9，已大于哺乳动物基因组3x10^9bp，保证了特异性结合；引物过长使延伸温度超过Taq DNA聚合酶的最适温度（74度），亦会影响产物的特异性。②G+C的含量一般为40％-60％。③四种碱基应随机分布，不要有连续3个以上的相同嘌吟或嘧啶存在。尤其是引物3'端，不应有连续3个G或c，否则会使引物与核酸的G或c富集区错误互补，而影响聚合酶链式反应的特异性。④引物自身不应存在互补序列而引起自身折叠，起码引物自身连续互补碱基不能大于3bp。⑤两引物之间不应互补，尤其是它们的3'端不应互补。一对引物之间不应多于4个连续碱基有互补性，以免产生引物二聚体。④引物与非特异靶区之间的同源性不要超过70％或有连续8个互补碱基同源，否则导致非特异性扩增。①引物3'端是引发延伸的点。因此不应错配。由于ATCG引起错配有一定规律，以引物3'端A影响最大，因此，尽量避免在引物3'端第一位碱基是A。引物3'端也不要是编码密码子的第三个碱基，以免因为密码子第3位简并性而影响扩增特异性。⑧引物5'端可以修饰，包括加酶切位点，用生物素、荧光物质、地高辛等标记，引入突变位点，引入启动子序列，引入蛋白质结合DNA序列等，引物的设计最好以电脑软件进行指导。
反应体系中，引物浓度一般要求在O.1-0.5μmol之间。浓度太高，容易生成引物二聚体，或非特异性产物。
引物Tm值与退火温度有关，计算公式为：Tm=4（G+C）+2（A+T）。引物Tm值最好在55-80℃范围，以接近72℃为最好。
（三）耐热的TaqDNA聚合酶
1976年Chien分离出热稳定聚合酶，1986年Erlich分离并纯化了适于聚合酶链式反应的Tq热稳定性聚合酶，为聚合酶链式反应成为实用技术奠定了基础，现已用基因重组生产。日前可用于聚合酶链式反应的聚合酶有多种：有从水生栖热菌中提取的Taq酶、从嗜热栖热苗中获得的Taq酶、从Litoralis栖热球菌中分离的VENT酶、及从酸热浴硫化裂片苗中分离的Sac酶，而以Taq酶用得最广泛。Taq DNA聚合酶分子量为94kD，75℃时酶比活性为150bs/酶分子，反应温度过高或过低均影响其延伸率，Taq蕾有很高的耐热稳定性。实验表明，在92.5℃、95℃、97.5℃时，其半衰期分别为40min、30min和5min。
纯化的Taq酶在体外无3'-5'外切酶活性，因而无校正阅读功能，在扩增过程可引起错配。错配碱基的数量受温度、Mg2+浓度和循环次数的影响。通常，30次循环Taq酶的错配率约为0.25％，高于Klenow酶的错配率。Taq酶在每一次循环中产生的移码突变率为1/30000，碱基替换率为1/8000。应用低浓度的dNTP（各20μmol／L）、1.5mmol/L的Mg2+浓度、高于55℃的复性温度，可提高Taq酶的忠实性，此时的平均错配率仅为5x10^-6次/（核苷酸*循环）。
Taq酶具有类似于末端转移酶的TdT的活性，可在新生成的双链产物的3'端加上—个碱基，尤其是dATP最容易加上。因此，欲将聚合酶链式反应产物克隆到载体上，可以用两种处理办法：一是构建dT-载体；二是用Klenow酶将3'端的A去掉，即在聚合酶链式反应反应后，先在99℃加热10min灭活Taq酶，调整Mg2+浓度至5-10mmol/L，加入1-2U Klenow片段，室温下作用15-20min，3'端的A即被切去，
Taq酶还具有反转录活性。在2-3mmol/L Mg2+浓度下68℃时出现类似反转录酶的活性。若有Mg2+存在，则反转录活性更佳，利用这一活性，可直接用于RNA-聚合酶链式反应，尤其是短片段的扩增。
以往用Taq酶进行聚合酶链式反应扩增，一般只能扩增小于400bp的DNA片段，经过对酶的结构与功能的改造，以及聚合酶链式反应方法学的改进，现已能扩增20kb以上的DNA分于。
Taq酶在聚合酶链式反应反应中加入的量也很重要，太少当然不好，太多一方面浪费，同时也导致非特异性扩增，通常每lOOμl反应液中含1-2.5U Taq酶为好。最好在0.5-5U范围内确定最佳酶浓度。另一个问题是，虽然Taq酶是热稳定性较好的工具酶，也应注意在-20℃贮存。
（四）缓冲液
缓冲液提供聚合酶链式反应反应合适的酸碱度与某些离子，常用10-50mmol/L。Tris-HCI（pH8.3-8.8）缓冲液。缓冲液中含有50mmol/L KCl有利于引物的退火。有人并加入小牛血清白蛋白（100μg/L）或明胶（0.0％）或Twen20（0.05％-0.1％）或二硫基苏糖醇（DDT，5mmol/L）等，认为这些物质可以保护Taq酶。
（五）Mg2+Taq酶的活性需要Mg2+。Mg2+浓度过低，Taq酶活力显暑降低；Mg2+浓度过高，又使酶催化非特异性扩增。Mg2+浓度还影响引物的退火、模板与聚合酶链式反应产物的解链温度、引物二聚体的生成等。Taq酶的活性只与游离的Mg2+浓度有关，而聚合酶链式反应反应体系中，dNTP、引物、DNA模板等中的所有磷酸基团均可与Mg2+结合而降低Mg2+的游离浓度。因此，Mg2+的总量应比dNTP的浓度高0.2-0.25mmol/L。如果反应体系中含有EDTA等螯合剂，也可结合掉一部分Mg2+。
为了获得Mg2+的最佳浓度，可用下面的优化法。首先在聚合酶链式反应缓冲液小不加入Mg2+，从配置的10mmol/L的Mg2+储存液中取一定量加入到各反应管中，开始以0.5mmol/L的浓度梯度递增（0.5,1.0,1.5,2.0,2.5,……5.0mmol/L），由聚合酶链式反应反应后的电泳结果可确定Mg2+大概浓度范围，再在该浓度的上下以0.2mmol/L递增与递减几个浓度来精确确定Mg2+最适浓度。
（六）dNTP
dNTP为聚合酶链式反应反应的合成原料。每种dNTP浓度应相等，通常的浓度范围为20-200gmol/L，在此范围内，聚合酶链式反应产物的量、反应的特异性与忠实性之间的平衡最佳。例如，当每种dNTP为20μmol/L时，理论上可以产生2.6μg的400bp的DNA。使四种dNTP的浓度保持在其Km值（10-15μmol/L）以上，可保持碱基掺入的忠实性；若dNTP的浓度大于50mmol/L，则可抑制Taq酶的活性。
（七）反应温度和循环次数
1．变性温度与时间
聚合酶链式反应反应中变性这一步很重要，若不能使模板DNA和聚合酶链式反应产物完全变性，聚合酶链式反应反应就不能成功，DNA分子中G+C含量愈多，要求的变性温度愈高。太高的变性温度和时间又会影响Taq酶的活性，通常的变性温度和时间分别为95℃、30s，有时用97℃、15s。虽然DNA链在变性温度时两链分离只需几秒钟，但反应管内部达到所需温度还需要一定的时间，团此要适当延长时间。为了保证模板DNA能彻底变性．最好为7-10min，然后在以后的循环中，将变性步骤设为95℃/min。
扩增100-300bp短片段时，还呵以用快速的两步聚合酶链式反应法，即变性（94-97℃）、退火及延长（55-75℃）。
为防止在变性温度时反应液的蒸发，可在反应管内加入1-2滴液体石蜡。
2．复性温度和时间
复性温度决定聚合酶链式反应的特异性，合适的复性温度应低于引物Tm值的5℃。退火温度过低，引起非特异性扩增；增高退火温度，可提高扩增的特异性，因此要严格规定退火温度。退火反应时间一般为1min。
在聚合酶链式反应开始的头一次循环时，反应从远低于Tm值的温度开温，由于Taq酶在低温时仍具有活性，这时就可能因引物与模板非特异性配对面出现非特异性产物或出现引物二聚体 然后在以后整个聚合酶链式反应反应中，非特异性产物反复扩增，而使聚合酶链式反应严重失败。为了尽量消除这种非特异性扩增，可以使用热起动的方式，热起动方法有几种：一种方法是在聚合酶链式反应系统中加入抗Taq酶抗体。抗体与Taq酶结合，使Taq酶活性受抑制。因此在开始时，虽然温度低，引物可与与模板错配，但因Taq酶没有活性，不会引起非特异性扩增；当进行热变性时，抗体在高温时失活，Taq酶被释放，就可发挥作用，在以后的延伸步骤进行特
异的DNA聚合反应。另一种热起动法是用石蜡将Taq酶与聚合酶链式反应反应系统分隔，因此一开始在室温条件下也没有非特异性扩增。当升温到热变性温度下，石蜡熔化，Taq酶与聚合酶链式反应反面系统混合，从而在以后的步骤中发挥作用。使用热起动可以提高聚合酶链式反应扩增的特异性。
3．延伸温度与时间
延伸温度一般为72℃左右，此时Taq酶活性为每秒钟掺入核苷酸35-100个，2kb的片段用1min已足够，若DNA片段较长，扩增时间可适当延长。延伸时间过长又可引起非特异性扩增。
4．循环次数
循环次数主要取决于最初靶分子的浓度，例如在初始靶分子为3x10^5、1.5x10^4、1x10^3和50拷贝数时，循环数可分别为25-30、30-35、35-40从40-45。过多的循环次数会增加非特异性产物量及碱基错配数。聚合酶链式反应反应后期，扩增产物的增加并不成为指数方式，称为平台效应。平台效应可能与下列因素有关：dNTP与引物浓度降低，酶对模板的比例相对降低，多次循环后酶活力降低，产物浓度增高后变性不完全而影响引物延伸。
（八）聚合酶链式反应仪
有多种进口与国产聚合酶链式反应仪。仪器的升降温方式可有气体加温、水加温及电热块加温等。温度、循环次数及时间等参数现多用电脑控制。可根据需要选择仪器。
由于聚合酶链式反应方法高度灵敏，少量的靶分子即可扩增至无限数。因此要防止聚合酶链式反应扩增产物污染环境而引起以后的聚合酶链式反应假阳性。为此，应将聚合酶链式反应仪及聚合酶链式反应产物检测等过程与标本制备及聚合酶链式反应反应管的制备尽量在空间分开，最好在不同的房间进行。通常可将实验空间分为标本处理区、反应混合制备和聚合酶链式反应扩增区、产物分析区等。
PCR检查
PCR是一种在体外快速扩增特定基因或DNA序列的方法，故又称为基因的体外扩增法。聚合酶链式反应技术类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。
PCR正常值
体内菌群的种类和比例正常，人体处于动态平衡健康状态。
PCR临床意义
聚合酶链式反应能快速特异扩增任何已知目的基因或DNA片段，并能轻易在皮克（pg）水平起始DNA混合物中的目的基因扩增达到纳克、微克、毫克级的特异性DNA片段。因此，聚合酶链式反应技术一经问世就被迅速而广泛地用于分子生物学的各个领域。
异常结果： 各种疾病所致的异常，例如梅毒。①一期梅毒。即硬下疳 ，潜伏期2～4周，外生殖器部位发生暗红色硬肿块 、浅溃疡 ，有软骨样硬度，周围淋巴结肿大。②二期梅毒。在一期梅毒 1～2 个月之后，全身皮肤、粘膜发生对称泛发皮疹、斑疹、丘疹、脓疱疹等。粘膜可发生粘膜斑、扁平湿疣，传染性强。③三期梅毒。发生在感染后2～3年乃至10年，皮肤为树胶样肿，还可涉及骨、关节、心、血管，表现为主动脉炎、主动脉瓣闭锁不全和主动脉瘤等，侵及神经为脊髓痨 ，全身麻痹 （ 麻痹性痴呆 ）等等。
需要检查的人群：疑似某种特定的疾病病人，进行分子特异性检查。
